В исследовании болезнетворных вирусов поможет суперкомпьютер

Сотрудники Вашингтонского университета (Washington University) утверждают, что геймеры, майнеры, работающие с биткойнами, и крупные и малые компании объединились для беспрецедентных усилий по сбору данных о коронавирусе. Целью корпорации является использование незанятых вычислительных мощностей для ускорения исследований в области лечения коронавируса.

Проект, возглавляемый биологами, эффективно создал самый мощный в мире суперкомпьютер, который может обрабатывать триллионы вычислений, необходимых для понимания структуры вируса. Более 400 000 пользователей загрузили приложение за последние две недели из проекта Folding @ Home, по словам директора Грега Боумана (Greg Bowman), сотрудника биохимии и молекулярной биофизики в Вашингтонском университете в Сент-Луисе, где и основан проект.

Усилия по «распределенным вычислениям» объединяют тысячи устройств для создания виртуального суперкомпьютера.

Проект, начатый в Стэнфордском университете (Stanford University ) 20 лет назад, был разработан для использования вычислительной мощности краудсорсинга для моделирования, чтобы лучше понять болезни, особенно аномалии сворачивания белка, которые могут привести к гибели патогенных микроорганизмов.

«Моделирование позволяет нам наблюдать за тем, как движется каждый атом во времени», — объясняет Боуман. «Массивный анализ ищет «карманы» или отверстия в вирусе, в которые можно внедрить лекарственный препарат».

Цели для лекарственных препаратов

Мощные вычислительные усилия могут проверить потенциальную лекарственную терапию, методику, известную как компьютерная разработка лекарственных препаратов. Боуман комментирует, что он с оптимизмом смотрит на эти усилия, потому что ученые ранее нашли лекарственную мишень в вирусе Эбола и потому, что COVID-19 структурно похож на вирус SARS, который был предметом многих исследований. Скорее всего, предметом исследования будут противомалярийные препараты хлорохин и гидроксихлорохин, которые могут быть «перенаправлены» для лечения COVID-19. По словам Боумана, проект смог увеличить свою мощность примерно до 400 петафлопов, причем каждый петафлоп способен выполнять один квадриллион вычислений в секунду, или в 3 раза мощнее, чем ведущие суперкомпьютеры мира.

Другие суперкомпьютеры также работают параллельно. Ранее Национальная лаборатория Ок-Риджа (Oak Ridge National Laboratory) заявила, что, используя самый мощный суперкомпьютер IBM, она обнаружила 77 потенциальных соединений, которые могут связываться с основным «остроконечным» белком коронавируса, чтобы обезвредить патоген. Проект Folding @ Home поддерживается мощными вычислительными ресурсами настольных компьютеров, ноутбуков и даже консолей PlayStation, а также более мощными бизнес-компьютерами и серверами. Любой, у кого относительно новый компьютер, может внести свой вклад, установив программу, которая загружает небольшое количество данных для анализа. Люди могут выбирать, над каким заболеванием они хотят работать.

Производитель компьютерных чипов Nvidia, производящий мощные графические процессоры для игровых устройств, призвал геймеров также присоединиться к этой работе.

«Реакция была рекордной, с десятками тысяч новых пользователей», — заявил представитель Nvidia Гектор Маринез (Hector Marinez).

Один из крупнейших вкладов вносит группа энтузиастов и геймеров Reddit, в которой участвуют около 24 000 участников.

«Это фантастическое оружие против чувства беспомощности», — комментирует Педро Валадас (Pedro Valadas), юрист из Португалии, возглавляющий сообщество Reddit.

«Тот факт, что каждый, дома, с компьютером может сыграть свою роль и помочь в борьбе с болезнями для общего блага, является мощным заявлением», — резюмирует Валадас.

Авторы другого исследования заявили, что компьютерная программа определяет мутации во вторичных структурах ДНК.

Приглашаем подписаться на наш канал в Яндекс Дзен


Добавьте «МКБ-11» в любимые источники Яндекс Новости


Рейтинг
( Пока оценок нет )
Понравилась статья? Поделиться с друзьями:
МКБ-11