Ученые из Каролинского института (Karolinska Institutet) в Швеции разработали новый дешевый метод, который помогает идентифицировать высоко гетерогенные и агрессивные опухоли, и которые, следовательно, требуют более интенсивного лечения. Результаты исследования представлены в научном журнале Nature Communications.
Актуальность проблемы
Общей чертой раковых клеток является изменение количества копий, в которых каждая хромосома или ген присутствует в геноме – явление, известное как изменение числа копий или CNAs. Внутри одной и той же опухоли клетки, принадлежащие к разным анатомическим частям опухоли, могут нести разные CNA. Опухоли со многими CNA, как правило, очень агрессивны и имеют тенденцию реформироваться чаще, даже после тяжелых процедур.
Результаты научного исследования
В ходе исследования ученые разработали новый геномный метод, названный CUTseq, который может оценивать количество и тип CNAs в различных частях одной и той же опухоли гораздо дешевле, чем существующие технологии.
«Я ожидаю, что CUTseq найдет много полезных применений в диагностике рака», – комментирует автор исследования Никола Крозетто (Nicola Crosetto). «Многоуровневое секвенирование опухолей будет все чаще использоваться в диагностических целях для выявления пациентов с высоко-гетерогенными опухолями, которые необходимо лечить более агрессивно. Я считаю, что наш метод может сыграть здесь ведущую роль».
Новый метод работает с ДНК, извлеченной из нескольких биопсий и даже из очень маленьких частей срезов тонкой ткани – тип образца, на который патологи обычно полагаются для диагностики рака под микроскопом.
Путем пометки ДНК, выделенной из нескольких областей одного и того же образца опухоли уникальными молекулярными штрих-кодами, можно получить исчерпывающую картину гетерогенности CNA в опухоли с помощью одного эксперимента по секвенированию.
«В будущем CUTseq можно будет использовать в качестве платформы для аутентификации клеточных линий и для мониторинга стабильности генома в больших хранилищах клеточных линий и биобанках», – резюмирует соавтор исследования Магда Биенко (Magda Bienko).
Авторы другого исследования помогают иммунной системе обнаружить скрытые раковые клетки.
